Hóa đơn điện tử được thể hiện ở dạng dữ liệu điện tử do bên bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ tạo lập và ký số theo quy định. Hóa đơn điện tử gồm ít nhất 2 tệp: bản thể hiện của hóa đơn (dạng tệp PDF) với nội dung, hình thức như một tờ hóa đơn thông thường và tệp dữ liệu hóa đơn (dạng tệp XML có giá trị pháp lý).
Nếu như hóa đơn giấy có nhiều liên để giao cho các bên lưu trữ và sử dụng thì hóa đơn điện tử chỉ có một bản duy nhất và không có khái niệm liên. Bên bán (bên phát hành hóa đơn), bên mua (bên tiếp nhận hóa đơn) và cơ quan thuế sẽ cùng khai thác dữ liệu trên một bản hóa đơn duy nhất đó.