Các lợi ích của việc sử dụng hóa đơn điện tử gồm có như sau:
1. Giảm chi phí in ấn, gửi, bảo quản, lưu trữ, khai thác hóa đơn. Góp phần bảo vệ môi trường.
2. Không sợ thất lạc hoặc cháy hỏng do lưu trữ dưới dạng điện tử trên các thiết bị lưu trữ.
3. Không sợ làm giả do phải ký hóa đơn bằng chữ ký số.
4. Gửi hóa đơn nhanh chóng và tiết kiệm chi phí vì gửi thông qua thư điện tử (Email).
5. Tra cứu dễ dàng bất cứ lúc nào, lấy hóa đơn mọi lúc, mọi nơi.
6. Xuất báo cáo thống kê bất cứ lúc nào từ phần mềm phát hành hóa đơn điện tử.